1台のニンテンドー3DSシリーズ本体に、違うタイトルのソフト（ダウンロード版）を2つ以上、ダウンロードしていただくことはできますが、1台のニンテンドー3DSシリーズ本体で、同時に2つのソフトを起動することはできないため、それぞれのソフト間で直接、ポケモンの通信対戦や通信交換などを行うことはできません。 また、2つ以上のソフト（ダウンロード版）が、1つのSDカードに入っている場合、そのうちいずれかのソフトを、別のSDカードに分けて保存しなおすことや、2つのSDカードに、それぞれ別々に入っているソフト（ダウンロード版）を、後から1つのSDカードにまとめることはできません。