早期購入特典の「マナフィのタマゴ」はダウンロード版でも受け取れますか？

はい。ダウンロード版でもパッケージ版でも「ふしぎなおくりもの」メニューの「インターネットで受け取る」で受け取り可能です。
詳細についてこちらをご確認ください。

※「ふしぎなおくりもの」の受け取りに、Nintendo Switch Online（有料）の加入は不要です。